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의료비 세액공제 대상, 총급여 3% 넘게 쓴 금액부터 공제돼요

오늘의딜 생활백과 편집팀 · 최종 확인 2026.10.27 · 출처 6곳
핵심 요약
  1. 01연간 의료비 중 총급여의 3%를 넘는 금액부터 세액공제 대상이에요. 일반 가족 의료비는 연 700만 원 한도에서 15%, 본인·6세 이하·65세 이상·장애인 의료비는 한도 없이 15%입니다.
  2. 02미숙아·선천성이상아 의료비는 20%, 난임시술비는 30%이고, 산후조리원은 출산 1회당 200만 원까지, 실비보험으로 돌려받은 금액은 빼고 계산해요.
  3. 03연말정산에서 빠뜨렸다면 다음 해 5월 종합소득세 신고(매년 5월 1일~31일) 때 추가할 수 있어요. 다음 정산을 앞둔 지금은 올해 낸 영수증을 모아 두세요.

의료비 세액공제, 한눈에 보기

한 해 동안 병원비를 많이 썼을 때 연말정산에서 세금을 줄여 주는 공제예요. 낸 의료비를 전부 공제해 주는 건 아니고, 총급여의 3%를 넘는 부분부터 대상이 된다는 점만 먼저 기억하세요. 아래는 2026년 10월 27일 기준 현행 소득세법 제59조의4와 국세청 안내를 정리한 내용입니다.

누구의 의료비인가공제율연 한도
일반 기본공제대상자(본인·6세 이하·65세 이상·장애인 외)15%연 700만 원
본인, 6세 이하, 65세 이상, 장애인15%한도 없음
중증질환자·희귀난치성질환자·결핵환자15%한도 없음
미숙아·선천성이상아20%한도 없음
난임시술비(난임시술 관련 처방 의약품 포함)30%한도 없음

문턱은 총급여 기준이에요. 내가 쓴 의료비 합계에서 총급여의 3%까지는 공제가 안 되고, 그 선을 넘는 금액에 위 표의 공제율이 적용됩니다. 총급여를 기준으로 하는 공제라서 근로소득이 있는 분이 대상이에요. 사업소득만 있다면 본인에게 해당되는지 세무서에 먼저 확인해 보세요.

중증질환·희귀난치·결핵에 해당하는 질환의 구체적인 범위는 시행령에서 정해요. 해당될 것 같다면 병원이나 세무서에 내 질환이 포함되는지 먼저 물어보세요.

무엇이 의료비로 인정되고, 무엇이 빠지나

의료비는 해당 연도에 실제로 지급한 금액이 기준이에요(소득세법 제59조의4). 아래 항목은 특히 많이 헷갈리는 부분입니다.

  • 산후조리원 비용은 출산 1회당 200만 원까지 의료비로 공제할 수 있어요(국세청 안내 기준).
  • 2024년 1월 1일 이후 지출분부터 장애인활동지원급여 중 내가 실제로 낸 본인부담금도 의료비 공제 대상에 들어갑니다.
  • 난임시술비는 30%, 미숙아·선천성이상아 의료비는 20%이고 한도는 없어요. 다만 다른 의료비 합계가 총급여 3% 기준에 못 미치면 그 모자란 만큼을 뺀 금액이 대상이 됩니다.

반대로 아래 비용은 의료비 세액공제 대상이 아니에요.

  • 실비보험 등으로 보전받은 금액
  • 국민건강보험공단의 본인부담상한제 사후환급금
  • 외국에 있는 의료기관에 낸 비용
  • 간병인에게 지급한 비용
  • 미용·성형 목적 비용
  • 건강증진 의약품 구입비

실비보험으로 돌려받은 돈이 있다면 낸 돈에서 그만큼을 빼고, 실제 내 부담액을 기준으로 계산하세요. 헷갈리는 항목은 연말정산 간소화 자료에 의료비로 잡혀 있는지 먼저 보시면 판단이 쉽습니다.

연말정산에서 챙기는 순서

  1. 간소화 서비스가 열리면 홈택스에서 올해 의료비 자료를 조회하세요. 국세청은 2026년 1월 15일에 2025년 귀속분 간소화 서비스를 열었고, 해마다 1월 중순에 열리는 편입니다.
  2. 조회된 의료비에서 실비보험 보전금처럼 돌려받은 금액을 빼고 실제 부담액을 확인하세요.
  3. 간소화에 안 보이거나 금액이 다른 의료비는 영수증을 따로 챙기세요. 2026년 1월엔 1월 17일까지 조회되지 않는 의료비 신고센터에 신고할 수 있었고, 최종 확정 자료는 1월 20일부터 확인할 수 있었어요.
  4. 가족 의료비를 함께 공제받으려면 그 가족이 기본공제대상자인지 확인하세요. 국세청은 2025년 귀속분 안내에서 연 소득금액이 100만 원을 넘는 가족(근로소득만 있으면 총급여 500만 원 초과)은 기본공제 대상이 될 수 없다고 알렸습니다.
  5. 회사가 정한 사내 마감일까지 서류를 내세요. 정산은 다음 해 2월분 급여를 줄 때 반영돼요(소득세법 제137조).

연말에 진료를 받고 결제는 해가 바뀐 뒤에 하는 경우처럼 지급 시점이 애매하다면, 회사 연말정산 담당자나 국세청 안내로 어느 해 의료비에 넣는지 먼저 확인하세요.

놓쳤을 때는 5월에 추가하세요

연말정산에서 의료비 공제를 빠뜨렸어도 방법이 있어요. 다음 해 5월 종합소득세 신고 때 공제를 추가해 신고할 수 있습니다(국세청 안내, 근로소득만 있는 분 대상). 신고 기간은 소득세법 제70조 기준 매년 5월 1일~31일이고, 5월 31일이 토·일·공휴일이면 다음 날이 기한이에요(국세기본법 제5조). 사업소득이 섞여 있다면 다른 안내를 따르니 세무서에 먼저 문의하세요. 5월 신고 기간도 지났다면 가까운 세무서나 국세상담센터에 지난 연도 공제를 추가로 반영하는 방법을 물어보세요.

지금 해 둘 일

  • 올해 병원·약국 영수증과 결제 내역을 모아 두세요. 간소화에 안 잡히는 항목은 증빙이 필요합니다.
  • 실비보험으로 돌려받은 금액이 있으면 따로 메모해 두세요. 연말정산 때 빼고 계산해야 해요.
  • 산후조리원, 난임시술, 장애인활동지원 본인부담금처럼 별도 기준이 있는 지출은 영수증을 구분해 보관하세요.
  • 2026년 귀속 연말정산(2027년 1월 정산) 일정은 아직 발표 전이에요. 발표가 나오면 이 항목의 날짜를 고칩니다.

자주 묻는 질문

의료비 세액공제는 총급여의 몇 %부터 되나요?

한 해 의료비 합계가 총급여의 3%를 넘는 금액부터 공제 대상이에요. 3%까지는 공제가 안 되니 연말정산 간소화 자료로 내 합계를 먼저 확인해 보세요.

의료비 세액공제 한도가 있나요?

일반 기본공제대상자(본인·6세 이하·65세 이상·장애인 외)의 의료비는 연 700만 원 한도에서 15%예요. 본인, 6세 이하, 65세 이상, 장애인을 위한 의료비는 한도 없이 15%를 공제합니다.

실비보험으로 받은 돈도 의료비 공제가 되나요?

실비보험 등으로 보전받은 금액은 공제 대상이 아니에요. 병원에 낸 돈에서 돌려받은 금액을 빼고 실제 부담한 금액으로 계산하세요.

산후조리원 비용도 의료비 세액공제가 되나요?

출산 1회당 200만 원까지 의료비로 공제할 수 있어요(국세청 안내 기준). 해마다 기준이 바뀔 수 있으니 연말정산 때 국세청 안내도 함께 확인하세요.

난임시술비는 몇 % 공제되나요?

난임시술비(난임시술 관련 처방 의약품 포함)는 30%이고 연 한도가 없어요. 다만 다른 의료비 합계가 총급여 3% 기준에 못 미치면 그 모자란 만큼을 뺀 금액이 대상입니다.

의료비 공제를 연말정산에서 놓쳤어요. 어떻게 하나요?

다음 해 5월 종합소득세 신고 기간(매년 5월 1일~31일)에 공제를 추가해 신고할 수 있어요. 그 기간도 지났다면 세무서나 국세상담센터에 추가 반영 방법을 문의하세요.

간병인 비용이나 성형·미용 비용도 공제되나요?

간병인에게 지급한 비용과 미용·성형 목적 비용은 의료비 세액공제 대상이 아니에요. 치료 목적의 진료비와 구분해 영수증을 따로 보관하세요.

근거 자료

가격·일정은 확인일 기준입니다. 바뀐 내용을 발견하면 확인 후 이 항목을 고칩니다.